生物地质与环境地质国家重点实验室于2005年纳入教育部重点实验室建设，2011年纳入科技部国家重点实验室建设，并在2015年顺利通过第一次评估。实验室以地质、生物和环境为关键词，从研究地质历史角度来处理当今生物与环境、人与自然的关系。她以发展地球系统科学的前沿领域——地球生物学的科学理论和科学方法为目标，从多重时空尺度探索地球环境与生命系统之间的相互作用和协同演化, 显著区别于现代生物、环境与生态领域的国家平台。

实验室拥有地球生物学/地质微生物这张靓丽的名片，在地球科学领域具有鲜明的不可替代性。实验室以地球生物学为主题，以生态系统最底层的地质微生物为关键突破点，从几十亿年到几亿年前微生物记录的海洋大灾难，到微生物记录的陆地旱灾洪灾事件，再到微生物引发的地下水环境变化，可以说小小微生物诉说着地球大灾难。“以小见大微力无穷，以古示今潜力无限”正体现了实验室的豪迈与担当，明显区别于其他地质类的国家平台。